Да, я уже несколько раз за сегодня видел ошибку 500 в этой дискуссии, хотя вчера она мне не попадалась. Похоже действительно появление ошибок напрямую зависит от размера страницы, которая генерится первой после сброса кэша.
Между 0.6.2 и 0.6.2.20090610 было огромное количество изменений, не только изменение схемы базы. Может, дело во вложенных тэгах, может -- в изменениях RDF-движка, я даже самые крупные вещи не все помню. К сожалению, откатиться на старую версию, чтобы проверить, не получится -- данные по новой схеме старый движок из базы поднять не сможет.